并不存在巧克力囊腫最佳治療的方法，患有巧克力囊腫后可以通過期待療法、藥物治療、手術(shù)治療、聯(lián)合治療進行治療。
1、期待療法：
巧克力囊腫的發(fā)病原因與經(jīng)血逆流有關(guān)，也有可能是遺傳因素引起。如果巧克力囊腫比較小，患者沒有出現(xiàn)身體不適癥狀，做好私處護理即可。
2、藥物治療：
患有巧克力囊腫后，通常會出現(xiàn)痛經(jīng)的癥狀，此時可以在醫(yī)生指導(dǎo)下服用布洛芬膠囊、元胡止痛片、雙氯芬酸鈉緩釋片等止痛藥物治療。如果出現(xiàn)了月經(jīng)異常，也可以在醫(yī)生指導(dǎo)下服用地屈孕酮片、黃體酮膠囊、醋酸甲羥孕酮片等藥物改善，能夠調(diào)理體內(nèi)的激素水平。
3、手術(shù)治療：
如果患者的病情比較嚴重，服用藥物效果不佳，也可以在醫(yī)生操作下選擇巧克力囊腫切除術(shù)治療，沒有生育要求的女性也可以選擇卵巢切除術(shù)治療。
4、聯(lián)合療法：
對于不孕的巧克力囊腫患者，也可以選擇體外受精-胚胎移植、宮腔內(nèi)人工授精等方法進行治療，對改善不孕有一定的幫助。
患者在治療期間應(yīng)做好自身衛(wèi)生，同時適量運動，能夠增強自身體質(zhì)，對身體恢復(fù)有幫助。
