腎結石的治療方式有三種保守治療，體外沖擊波碎石和手術治療。
保守治療沒什么風險，主要是通過定期觀察就行體。外沖擊波碎石也沒有什么風險，主要是人躺在體外沖擊波治療床上，然后利用超聲波原理將結石擊碎就行，花費也不是很高。腎結石的風險主要在手術，手術的主要治療風險主要在手術中，因為手術前主是劇烈的絞痛發作和血尿，從而患者來到醫院尋求治療。
手術中的風險有兩種。一經皮滲進手術。經皮滲進手術就是在皮膚上打個洞，然后利用經皮滲進進行隧道穿刺，進入腎臟，找到結石，利用鈥激光碎石。在穿刺過程當中會導致腎實質的裂孔。這個裂孔是人為造成的，如果正好有血管穿行其中，有可能會發生大出血的危險，包括術后。
如果說術后會留一個腎造瘺管，腎造瘺管留在當中，可以起到一個壓迫和引流的作用。術后，比如說患者劇烈咳嗽或者床上翻動不好使，腎實質里面的血管再次轉戰引起大出血這是比較危險的，甚至有可能會需要介入栓塞哪治療，甚至在臨床上有些患者是需要通過切除腎臟來保全生命，這是一個最危險的事情。
而有些也是有可能會發生遲發性出血，比如說術后一周，不合適的運動也會導致遲發性的出血。
還有一個輸尿管軟進，輸尿管軟進的風險比經皮滲進的風險小一點，但是因為是逆行，經過尿道輸尿管進入腎臟，找到結石鈥激光碎石，就有可能會有鈥激光損傷腎臟黏膜或者輸尿管黏膜的問題，后期可能會導致輸卵管狹窄，以及黏膜的刺痛或者出血，這是他術中的主要風險。術后留置雙節管之后一般就沒什么風險，主要是雙節管可能有點不舒服，這是正常的一個現象，不用擔心。
