甲硝唑副作用還是比較多的，15%到30%的病歷可以出現(xiàn)不良反應(yīng)，以消化道反應(yīng)最為常見，包括惡心，嘔吐，食欲不振，腹部絞疼，一般不影響治療。
神經(jīng)系統(tǒng)癥狀有頭疼，眩暈，偶爾的會(huì)有感覺異常，肢體麻木，共濟(jì)失調(diào)，多發(fā)性神經(jīng)炎等。大劑量的甲硝唑可以導(dǎo)致抽搐，還有少數(shù)的病例會(huì)發(fā)生蕁麻疹，潮紅，瘙癢，膀胱炎，排尿困難，口中金屬味及白細(xì)胞減少等。這些副作用雖然非常多，但是均屬于可逆性，停藥后可以自行的恢復(fù)。
除了以上介紹的這些副作用之外，甲硝唑可以對診斷造成干擾，它的代謝產(chǎn)物可以使尿液呈深紅色。如果原有肝臟疾患，劑量應(yīng)該減少，出現(xiàn)共濟(jì)失調(diào)或者其他中樞神經(jīng)系統(tǒng)癥狀時(shí)，應(yīng)該停藥，重復(fù)一個(gè)療程之前應(yīng)該做白細(xì)胞計(jì)數(shù)，厭氧菌感染合并腎功能衰竭的，給藥的間隔時(shí)間應(yīng)由8小時(shí)延長到12小時(shí)。
