首先要給予支持治療，包括一些保護(hù)措施，比如對(duì)于重型再障患者要給于保護(hù)性隔離，預(yù)防感染，注意飲食和環(huán)境衛(wèi)生，注意避免出血，防止外傷和劇烈的活動(dòng)，不要用對(duì)骨髓有損傷作用和抑制血小板功能的藥物。進(jìn)行必要的心理護(hù)理，要給予對(duì)癥治療。
首先要糾正貧血，如果血紅蛋白低于六十克每升，而且病人對(duì)貧血耐受比較差的時(shí)候可以輸入紅細(xì)胞，但應(yīng)防止輸血過多。
另外要控制出血，可以使用止血藥物比如酚磺乙胺，女性子宮出血可以肌注丙酸睪酮，輸入濃縮血小板對(duì)血小板減少引起的嚴(yán)重出血有效果，還要控制感染，及時(shí)采用經(jīng)驗(yàn)性廣譜抗生素治療，控制感染。真菌感染可以使用兩性霉素b等抗真菌藥物，要給予護(hù)肝治療，再障常合并肝功能損害應(yīng)該選用護(hù)肝藥物。
針對(duì)發(fā)病機(jī)制的治療，首先是免疫抑制治療 ，可以給予抗淋巴胸腺細(xì)胞球蛋白治療，再就是環(huán)孢素以及其他藥物包括CD3單克隆抗體，麥考酚嗎乙酯，環(huán)磷酰胺，甲潑尼龍等。給予促造血治療，比如雄激素司坦唑醇，十一酸睪酮，達(dá)那唑，丙酸睪酮，造血生長因子特別適用于重型的再生障礙性貧血。重組人粒細(xì)胞集落刺激因子，可以促進(jìn)白細(xì)胞增生。重組人紅細(xì)胞生成素可以促進(jìn)紅細(xì)胞增生。
一般在免疫抑制治療重型再障后使用，造血干細(xì)胞移植對(duì)于四十歲以下沒有感染和其他并發(fā)癥，有合適供體的重型再障患者，可以考慮造血干細(xì)胞移植治療。
