卵圓孔封堵手術是治療卵圓孔未閉的有效手段，但如同其他手術，該術式也存在一定的副作用和風險。患者在術前術后應充分了解，并做好相應的準備和護理。
術后可能出現卵圓孔或房間隔處的殘余分流，這意味著封堵不完全，可能導致血液仍能通過未閉的卵圓孔流動。其次，異位栓塞也是一個潛在的并發癥，包括氣體栓塞或血管腔內栓塞，這可能對患者的循環系統造成不良影響。再者，封堵器移位或脫落也是一個需要關注的問題，特別是在術后初期，心臟內皮細胞尚未完全覆蓋封堵器表面時。
患者還需警惕心臟傳導系統受損和瓣膜功能異常的可能性。過大的封堵器可能干擾心臟的正常傳導，導致心律失常等問題。同時，封堵器在放置過程中若損傷到周圍結構，如三尖瓣、二尖瓣等，可能引發瓣膜狹窄或關閉不全。
術后，患者需按醫囑服用抗凝藥物，如阿司匹林等，以預防血栓形成。同時，應定期接受復查，包括心臟超聲和胸片檢查，確保封堵器位置正常且各項生理指標均在正常范圍內。
需要注意的是，雖然卵圓孔封堵手術存在一定的副作用和風險，但其在臨床上的應用已相當成熟，且由經驗豐富的專業醫師進行操作，可以大大降低并發癥的發生概率。患者在選擇手術時，應充分了解手術利弊，并在醫生的指導下做出決定。術后如有任何不適，應立即就醫，以確保安全有效地恢復健康。
