目前針對乙肝的發病機制沒有完全闡明。目前認為,肝細胞損傷不是乙肝病毒在肝細胞內復制的結果,而是由t細胞進行了免疫反應,介導引起的肝細胞受損來感染乙肝病毒以后,可以引起細胞免疫以及體液免應答,并繼發自身免疫反應,還有免疫調節功能紊亂這些免疫反應,對乙型肝炎的臨床表現以及轉歸,起著重要的意義。

對于急性肝炎,當免疫功能正常,感染乙型肝炎病毒以后,其細胞毒性t細胞攻擊受累的細胞,由破壞的肝細胞釋放入血的乙肝病毒而被特異性抗體結合,而且干擾素生成較多,有可能會引起乙肝病毒被清除,病情好轉甚至痊愈。

慢性活動性肝炎主要是見于免疫功能有缺陷的免疫調節紊亂的患者。這種情況干擾素產生少,所以說乙肝病毒持續復制,特異性的抗體形成不足,肝細胞反復地被乙肝病毒侵犯,這種情況就形成了慢性乙型肝炎。

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