一、急性血栓栓塞性疾病,如近期發生的深部靜脈血栓形成,可用足量肝素預防血栓形成和擴展,減少肺栓塞的機會。肺動脈栓塞,預防血栓形成,急性心肌梗死時減少血栓栓塞的并發癥,能減少腦血栓形成的危險性,并降低其死亡率,但對于腦栓塞而無出血者能否控制再發或降低死亡率尚無定論。

二、彌散性血管內凝血。

三、體外抗凝劑,可作為輸血、體外循環血液透析、腹膜透析的血樣標本體外實驗的抗凝劑。

四、其他,近年發現肝素有清除血脂作用,能增強抗凝血酶3對血管舒緩素的抑制作用,因而可以抑制遺傳性血管神經性水腫的急性發作。

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