肛瘺的患者一般通過手術才能夠治愈。如果是發生了肛瘺,當時不具備手術條件的話,也可以暫時使用一些其他的方法來緩解癥狀,比如可以使用外治的方法,用消腫止痛的洗劑來坐浴,外涂金黃膏。急性發作期的時候可以使用抗生素來進行治療,但是抗生素的使用時間一般不要超過一周。
對于肛瘺發作期合并感染的患者,如果此時因身體的其他因素不能進行手術治療的話,也可以在感染灶的表面切小口引流或者是注射器抽膿處理。這種方法效果是立竿見影的,但是對于肛瘺的治療來說只是暫時緩解,日后還需要再行根治手術。最終肛瘺要想治愈必須要進行手術治療。