懷孕早期導致胚胎停育的原因具體不明確，總體分析為3個大的方面的因素。
第一，胚胎本身的因素，胚胎本身染色體異常，它是導致胚胎停育的主要原因，無論是結構異常還是數(shù)目異常，都很容易導致胎停育。
第二個大的方面的原因就是母體的因素，比如說孕婦患有全身性疾病，嚴重的感染，高熱，心衰，甚至合并了其他的內科外科疾病都可能導致胚胎停育，還有內分泌異常，比如說孕婦的黃體功能不足，甲狀腺功能低下，嚴重的糖尿病血糖控制的不理想等情況。
再者就是免疫功能異常，比如說母兒的血型不合，孕婦的抗磷脂抗體產(chǎn)生過多，還有就是子宮本身有異常出現(xiàn)這種畸形的子宮，比如單角子宮，雙子宮，子宮的縱膈等等。還有就是創(chuàng)傷刺激，比如說宮腔的手術，直接的撞擊，甚至過度的性交，精神的緊張，焦慮，恐懼，憂傷等，也容易引起流產(chǎn)和胚胎停育。
再者就是藥物的因素，比如說服用一些導致胚胎發(fā)育遲緩，甚至引起胚胎畸形的藥物，不良的習慣，吸煙、酗酒，還有一些毒品，嗎啡，海洛因等等，都容易造成胚胎停育。
第3個大的方面就是環(huán)境的因素，比如說接觸過有毒有害的物質接觸放射線等等，這些原因都是導致早期胚胎停育的因素。
