在廣泛應用抗生素前的時代大多數社區獲得性肺炎,主要由肺炎鏈球菌感染引起,近年來的研究表明50%左右的社區獲得性肺炎病歷查不到病原體。據流行病學調查結果,社區獲得性肺炎主要由肺炎鏈球菌,流感嗜血桿菌,非典型病原體所引起。
其他導致社區獲得性肺炎的病原體有葡萄球菌,陰性桿菌,還有病毒和真菌等。社區獲得性肺炎病原體的感染率依據不同地區,不同年齡段,不同季節,不同的診斷標準以及患者有無基礎疾病及相關的危險因素而不同。
社區獲得性肺炎病原體的另外一個顯著特點是隨著抗生素的廣泛使用,抗生素耐藥性問題越來越嚴重。在臨床工作中可通過臨床特點增加特定細菌感染風險的危險因素,某些特定狀態下社區獲得性肺炎患者易感染的病原體,x線影像學檢查,以及病原微生物流行病學特點等資料綜合分析,推斷可能的病原微生物學。