尿路軟斑癥屬于炎癥性病變,長期應用抗生素治療,能改善癥狀,但易于復發。有的學者曾提出,應用多種抗菌藥物治療,可以使尿液中細菌消失,但不能阻止病程的進展,因為一般抗生素對軟斑癥患者只能消滅細胞外間隙的細菌,卻不能殺滅進入細胞內的細菌。實踐證明,有的抗菌藥物,如利福平和磺胺異口惡唑能進入吞噬細胞,幫助殺死細胞內細菌。
對于膀胱軟斑癥除了長期應用抗菌藥物治療外,還可以經尿道將膀胱內病變進行電灼治療,對病變愈合有利。由于本癥容易復發,需定期隨診作膀胱鏡檢查。對腎軟斑癥患者,雖然有的學者建議長期應用抗菌藥治療,但大多數學者認為,單側腎病變,一旦臨床確診為軟斑癥,需作患側腎切除術。