腸結(jié)核主要由人型結(jié)核分枝桿菌引起。少數(shù)地區(qū)有因飲用未經(jīng)消毒的帶菌牛奶或乳制品而發(fā)生牛型結(jié)核分枝桿菌腸結(jié)核。
結(jié)核分枝桿菌侵犯腸道主要是經(jīng)口感染。患者多有開放性肺結(jié)核或喉結(jié)核，因經(jīng)常吞下含結(jié)核分枝桿菌的痰液而引起本病。經(jīng)常和開放性肺結(jié)核患者密切接觸，也可被感染。結(jié)核分枝桿菌進(jìn)入腸道后，多在回盲部引起結(jié)核病變，可能和下列因素有關(guān)：
①含結(jié)核分枝桿菌的腸內(nèi)容物在回盲部停留較久，增加了局部腸黏膜的感染機(jī)會(huì)；
②結(jié)核分枝桿菌易侵犯淋巴組織，而回盲部有豐富的淋巴組織，因此成為腸結(jié)核的好發(fā)部位。但胃腸道其他部位有時(shí)亦可受累。
腸結(jié)核也可由血行播散引起，見于粟粒性結(jié)核；或由腹腔內(nèi)結(jié)核病灶如女性生殖器結(jié)核直接蔓延引起。
結(jié)核病的發(fā)病是人體和結(jié)核分枝桿菌相互作用的結(jié)果。經(jīng)上述途徑而獲得感染僅是致病的條件，只有當(dāng)侵入的結(jié)核分枝桿菌數(shù)量較多、毒力較大，并有人體免疫功能低下、腸功能紊亂引起局部抵抗力削弱時(shí)，才會(huì)發(fā)病。
