嗎替麥考酚酯的短期副作用較黃玲酰胺，環(huán)孢素等其他免疫制劑為輕，但少數(shù)患者仍有嚴重的副作用，用藥過程中應密切觀察，主要的副作用，包括：
一，感染、細菌感染、毒感染、真菌感染。
二，胃腸道癥狀，空腹服用可以出現(xiàn)腹瀉、腹脹、腹痛等，多再減量后好轉(zhuǎn)。
三，骨髓抑制，可有白細胞減少個別出現(xiàn)貧血，減量后可恢復。血小板減少罕見。
四，其他，個別病人可以出現(xiàn)一過性的，谷丙轉(zhuǎn)氨酶升高，如不伴有黃疸，可觀察并繼續(xù)用藥，多可在兩到四周內(nèi)左右恢復正常。
注意事項有：
一，用藥開始，使用每兩周檢測血常規(guī)、肝功能。用藥過程中，如無副作用出現(xiàn)，每月定期檢查血常規(guī)和肝功能，出現(xiàn)輕度異常時，至少每周檢查一次，直到恢復正常后再改為每月一次，半年內(nèi)無副作用，可每三個月檢查一次。
二，嗎替麥考酚酯通常與激素合用，在合用時激素劑量有可能叫單用時稍小，或減量較快。
三，嗎替麥考酚酯不宜與硫唑嘌呤同時合用。
四，在臨床上盡可能提倡，在單病理診斷指導下，合理使用激素及免疫抑制劑。
五，在腎功能損害時，嗎替麥考酚酯的劑量應減少。
