雷公藤的制劑不夠規(guī)范，各家藥廠所生產者其組分及有效成分含量不盡相同，從而影響了其副作用的發(fā)生率，有的制劑較易引起轉氨酶升高，或是皮膚色素沉著，有的容易產生性腺的抑制。任何一種免疫抑制劑，均可能有毒副作用，如果將雷公藤與皮質激素或環(huán)磷酰胺等藥物相比，長期服藥過程中雷公藤的副作用顯然要比后兩者為少，損害程度更輕。雷公藤雖然有抑制T細胞增生的作用，但其作用在活化的外周T細胞，對胸腺細胞無影響，這是它極為重要的優(yōu)點，說明它既能抑制致病性的免疫反應又不至于過分削弱機體的免疫監(jiān)護作用，不至于出現對感染抵抗力嚴重削弱的現象。因此即使長期服用雷公藤制劑的患者也很少發(fā)生嚴重感染。
臨床常用的雷公藤多苷片，其副作用相對較少，即使有轉氨酶升高或皮膚色素變化，通常不至于產生重大影響，停藥后即可恢復，低于3個月的持續(xù)用藥，一般不至于影響性腺功能，時間過長就有可能產生月經紊亂以致停經。對于正處在發(fā)育期的兒童及少年或尚未生育的婦女，療程一般不宜超過3個月，除非病情確有需要更長期用藥。雷公藤對性腺的影響屬于可逆性，停藥一段時間后能夠恢復，月經可恢復正常或正常受孕。
