結(jié)腦的發(fā)病急緩不定，但是病程都比較長，治愈的比較少，惡化死亡的比較多，自從抗結(jié)核化療應(yīng)用以來，不良的預(yù)后大有改善，結(jié)腦的預(yù)后取決于抗結(jié)核藥物治療的早晚，開始治療的方法正確與否，所感染的結(jié)核分枝桿菌，是否耐藥菌株，患者的發(fā)病年齡，治療時期的病期、病型，是否合并腦積水，初始或者是復(fù)制，腦脊液生化和細(xì)胞學(xué)改變，都能影響治療的效果，這些綜合因素和預(yù)后都有密切的關(guān)系。
結(jié)腦的早期腦底的滲出物，可因及時治療而完全吸收，臨床上，可以沒有癥狀或癥狀完全好轉(zhuǎn)，治療后，可以沒有任何的后遺癥，腦脊液恢復(fù)正常，結(jié)核分枝桿菌轉(zhuǎn)陰，中樞神經(jīng)系統(tǒng)的病灶也可以完全吸收。
但是如果診斷和治療被延誤，則結(jié)腦的顱底顏色，有腦膜沿及腦實質(zhì)，引起意識障礙和精神癥狀，危及了腦血管，引起腦軟化，偏癱，癲癇發(fā)作，失語，累積了錐體外系，會出現(xiàn)各種異常的運動，累積了腦橋及延髓，會引起吞咽、迷走和副神經(jīng)的損害，病人會因為滲出物的粘連和壓迫，引起呼吸中樞的麻痹而死亡。
