系統性紅斑狼瘡的預后與多種因素有關,如發病的年齡,性別,妊娠,發病經過,臟器損害程度,有無并發癥及治療是否恰當等都影響其預后,不定期隨診,不遵循醫囑,不規范治療是致死的重要原因,近年來由于加強了對患者的教育以及診療水平的提高,系統性紅斑狼瘡的預后與過去相比有顯著的提高。
經正規治療一年的存活率是96%,五年存活率是85%左右,十年存活率已經超過了75%,急性期患者的死亡原因主要是系統性紅斑狼瘡的多臟器嚴重損害和感染,尤其是伴有嚴重的神經精神狼瘡和急進性狼瘡腎炎的,而慢性心功能不全,藥物的不良反應和冠狀動脈動脈粥樣硬化性心臟病是系統性紅斑狼瘡遠期死亡的主要原因。