急性感染后腎小球腎炎預后一般良好,不到0.5%的患者死于原發疾病,少于0.2%的患者死于或者是發展與終末期腎臟病,兒童預后較成人好,合并有急性腎衰竭和心液體腎小球腎炎的大于四十歲的患者預后更差,急性鏈球菌感染后的急進性腎小球腎炎預后要比其他原因引起的急性性腎小球腎炎預后好,需透析者經過短暫的透析后,多可逐漸恢復。
盡管腎功能還不能完全恢復到正常,在兒童約百分之二的兒童患者存在三到十年的蛋白尿,而成人約為15%,但這些異常最終都會消失,并且慢性腎衰竭的發生率低,合并有腎病綜合癥和持續大量蛋白尿的患者,預后差。
部分患者在急性腎小球腎炎急性發作數年后,發展為持續性高血壓或者是終末期腎臟病,但導致進行性腎衰竭的原因是合并持續高血壓的腎硬化癥,還是進行性腎小球斑痕形成,目前尚不清楚。