早期使用適當抗菌藥物可減輕癥狀及縮短病程,本病有自限行,多數病例不經治療可自愈,大環內酯類抗菌藥物為首選,如紅霉素,羅紅霉素和阿奇霉素,氟喹諾酮類如左氧氟沙星,加替沙星和莫西沙星等,四環素類也用于肺炎,支原體肺炎的治療,療程一般為二到三周。
因肺炎支原體無細胞壁,青霉素和頭孢菌素類等抗菌藥物無效,對劇烈嗆咳者應適當給予鎮咳藥,若繼發細菌感染可根據痰病原學檢查選用針對性的抗菌藥物治療,治療本病具有自限性,多數病例不經治療可自愈,使用適當的抗菌藥物可減輕癥狀縮短病程,治療首選紅霉素宜可用四環抗生素,早期使用適當的抗生素可減輕癥狀,縮短病程至七到十天。