抗菌藥物的選擇有如下幾種。
一：葡萄球菌敗血癥，因金黃色葡萄球菌能產生β類菌株已達到90%左右，故青霉素劑對其療效很差，而第一代、第二代頭孢菌素不同程度的抑制了β內酰胺酶作用，對其敏感的菌株可達90%左右，故現在常選用頭孢唑林、頭孢氨芐、頭孢呋辛和頭孢克洛等，也可選擇喹諾酮類進行治療，還可聯合應用阿米卡星、慶大霉素，甲氧西林，金葡菌一般選用萬古霉素，另外還可選擇的藥物包括利奈唑胺、達托霉素和替加環素等。
二：革蘭陰性桿菌敗血癥，第三代頭孢菌素對此類具有較強的抗活性，敏感率一般大于90%，第二代頭孢菌素對66666大腸桿菌及肺炎桿菌也有抗菌活性，固對此類敗血癥可從第二代、第三代頭孢抗生素中選一種，可與慶大霉素或者是阿米卡星聯合應用；綠膿桿菌敗血癥是可選擇派拉西林、他唑巴坦、頭孢哌酮舒巴坦、頭孢他啶、頭孢吡肟或者是碳青霉烯類抗生素比較好，或將上藥與氨基糖甙類抗生素聯合應用療效也好，左氧沙星、環丙沙星等喹諾酮類藥物，包括綠膿桿菌在內的革蘭陰性桿菌有較強的抗菌活性，且受外界影響較小，與其他抗菌藥物未見交叉，副作用輕，臨床上也被常常選用；厭氧菌敗血癥常混合細菌感染，選用時應兼顧兼性厭氧菌或者是需氧菌。
