系統性硬皮病通常是慢性病程無法治愈,其愈后與確診時間及是否有重要臟器并發癥有關,心、肺、腎,嚴重病變是系統性硬皮病人的主要死亡原因,如伴進行性的腎功能不全的硬皮病腎危象、心肌炎、心律失常、肺動脈高壓、心臟功能衰竭和間質性肺炎所引起的呼吸衰竭等抑制死亡,而系統性的硬皮病病變僅限于皮膚,無內臟損害者預后相對較好。
最新數據顯示,由于近年來對這種疾病的認識提高,診斷的提高治療方案及治療藥物的更新和完善,對其嚴重并發癥的高度警惕和及時處理,系統性硬皮病人的5年生存率已經超過了80%,10年的生存率為50%~70%,目前認為彌漫性的皮膚損傷,大量的心包積液、肺動脈高壓、蛋白尿、血尿、腎衰竭、貧血、血沉增快,心電圖異常等,均為預后不良的因素。