吸入性肺膿腫多合并有厭氧菌感染,青霉素對絕大多數厭氧菌都是敏感的,療效比較好,故臨床上最為常用。同時一般需要聯合使用抗厭氧菌的藥物,包括林可霉素,克林霉素和甲硝唑等,如果患者病情明顯好轉,可轉為口服,可單用或聯合應用青霉素,甲硝唑等,肺膿腫可用大環內酯類,或者是喹諾酮類抗生素,也可單用克林霉素聯合利福平等。
免疫抑制的病人平均療程為六個月,馬紅球菌肺膿腫應選擇兩種藥物聯合應用,大環內酯類加環丙沙星,慶大霉素,利福平或者是復方新諾明,血源性肺膿腫為膿毒血癥的并發癥,應按膿毒血癥治療,可選用青霉素或者頭孢菌素,摩挲感染者應該選中萬古霉素,替考拉寧,如為阿米巴原蟲感染則選中甲硝唑治療,抗生素療程為六到八周,或直至x線胸片顯示膿腔或者炎癥消失,僅有少量的殘留的纖維化。