肺膿腫的主要致病菌為厭氧菌,有時會混合需氧菌。臨床上常用的厭氧菌藥物主要包括青霉素劑,克林霉素,甲硝唑等。通常使用青霉素聯合甲硝唑或者克林霉素的治療方案。
某些厭氧菌,如脆弱類桿菌可產生β-內酰胺酶,故青霉素,氨芐西林效果不佳。需要使用酶抑制劑的藥物,例如美洛西林鈉,舒巴坦鈉,或者是頭孢哌酮鈉,舒巴坦鈉。
院內獲得性感染形成的肺膿腫,多數為需氧菌病,并有耐藥菌株的出現。故需使用β-內酰胺類抗生素中的第二代,第三代頭孢菌素,必要時聯合氨基糖苷類。
血源性肺膿腫的致病菌多為金黃色葡萄菌,且多數對青霉素耐藥,應選用耐青霉素酶的半合成青霉素的藥物,對耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌,應選用糖苷類或利奈唑類。