一般治療包括呼吸道的隔離,由于支原體感染可以造成小流行,且患兒發病后排支原體的時間比較長,可達一到兩個月,對患兒會有密切接觸史的小兒,應盡可能做到呼吸道隔離。同時保持室內空氣新鮮,提供易消化營養豐富的食物和足夠的液體,對于病情嚴重有缺氧表現的或者氣道梗阻現象嚴重的呢,應該及時給氧,對癥處理包括祛痰平喘。
抗生素應用的非常關鍵,應選用能抑制蛋白質合成的抗生素,包括大環內酯類,四環素類等,大環內酯類的是支原體肺炎的首選抗菌藥物,阿奇霉素為治療首選,此外有尼可霉素,萬古霉素及磺胺類可供選用。
再就是腎上腺糖皮質激素的應用,對于急性期病情發展迅速,或者是病部肺炎遷延而出現肺不張,肺間質纖維化,支氣管擴張,或者有肺外并發癥者,可以應用腎上腺皮質激素,如地塞米松,強的松等,應用激素時注意排出結核等感染,如果出現肺外并發癥的話應該給予相應的對癥治療。