新生兒敗血癥在未獲得血培養結果之前既要選用抗生素治療,以后根據血培養的結果及細菌藥敏試驗選用抗生素,通常聯合應用一種青霉素類和一種氨基糖甙類抗生素作為初選藥物。因為這兩種抗生素的配伍具有較廣泛的抗菌譜,并能產生協同作用。在嚴重感染的病例,可選用第三代頭孢菌素和青霉素類聯合應用。
新生兒出生時免疫系統發育還不夠完善,特別是低出生體重兒更明顯,生后對于各種抗原的刺激反應不敏感,感染后更削弱了自身的免疫力,免疫治療可以提高新生兒的免疫力,增強抗感染的能力,靜脈應用丙種球蛋白,含有大量的免疫球蛋白和特異性抗體,可用于敗血癥的輔助治療。