心肌炎最主要的原因,是由腺病毒和腸道病毒引起的。最可能病毒性心肌炎的病毒,常見于性病毒和腸道病毒。其中以柯薩奇病毒B組最為常見。其他可引起病毒心肌炎的病毒包括:單純皰疹病毒、水痘及帶狀皰疹病毒,巨細胞包涵體病毒,風疹病毒,流行性腮腺炎病毒,C型肝炎病毒、登革熱病毒、黃熱病病毒、狂犬病病毒、呼吸道腸道病毒等。
近年來,應用聚合酶鏈反應技術,檢測病毒基因序列,提高了心肌炎的病因診斷。曾報道疑為病毒性心肌炎58例,患兒年齡兩天到十三歲。用聚合酶鏈反應方法檢測患者血液中人類小RNA病毒,陽性率為48%。其中四例進行斑點雜交,確定為柯薩奇B3病毒。以往由于病因診斷不明,所謂特發性心肌炎或間質性心肌炎,其中部分病例可能是病毒性心肌炎。