系統性紅斑狼瘡的發病與多種因素有關,其中遺傳、環境、雌激素水平等各種因素相互作用,導致T細胞減少、T抑制細胞功能降低、輔助性T細胞與調節性T細胞平衡紊亂以及功能異常、B細胞過度增生,產生大量的自身抗體。
并與體內相應的自身抗原結合形成免疫復合物,沉積在皮膚、關節、小血管、腎小球等部位,在補體的參與下,引起急慢性炎癥及組織壞死(如狼瘡腎炎),或抗體直接與組織細胞抗原作用,引起細胞破壞(如紅細胞、淋巴細胞及血小板膜的特異性抗原與相應的自身抗體結合,分別引起溶血性貧血、淋巴細胞減少癥和血小板減少癥),從而引起機體的多系統損害。