狼瘡性腎炎的治療，需要根據不同的病理類型，采取不同的方式，一型輕微系模型和二型系膜增生型中，蛋白尿較少的患者無需特殊處理，動態觀察。
系膜增生型中蛋白尿明顯的患者，可給予中等劑量的糖皮質激素，如潑尼松龍30到40毫克，每天治療。局灶增生型也可應用中等劑量的糖皮質激素，可聯合應用細胞毒性藥物，如環磷酰或硫唑嘌呤。
而對于活動性的、彌漫性的狼瘡性腎炎中，具有活動病變者的治療可分為兩個階段，誘導治療和維持治療。誘導治療階段持續約3到6個月，應聯合應用糖皮質激素和細胞毒類藥物。隨著疾病活動的緩解，維持階段糖皮質激素開始減量，作用相對較弱，但毒性相對較小的藥物，可代替強效但毒性強的免疫抑制劑。
維持使用免疫抑制劑的目標，是防止疾病的復發和防治腎功能惡化。同時盡量減少藥物的副作用，誘導緩解階段，目前公認且有循證醫學證據的方案，是潑尼松聯合環磷酰胺。潑尼松起始劑量為0.8到1毫克每公斤每天，4到6周若病情開始緩解需盡快減量，4到6個月后減量到7.5到10毫克每天。
經過上述治療，若患者在半年內病情得到控制，治療可進入維持階段。此階段潑尼松維持在5到10毫克每天，免疫抑制劑可選用靜脈使用環磷酰胺0.6到1.0克，每三個月一次。
