發病三到五天內的患者處于血栓急性期，如果沒有出血，可以用rt-PA進行溶栓治療。這種治療方法簡便易行，通過靜脈輸液就可以實施溶栓治療。
研究發現靜脈竇血栓發病三到五天是最佳治療時機，但是大部分患者在發病初期常常將不適癥狀當成感冒，或將身體不適歸結為勞累所致，結果延誤救治，耽誤靜脈溶栓治療時機。超過90%的腦靜脈竇血栓形成，患者發病需要超過五天才來就診，這時血栓已經開始收縮變硬，單純用rt--PA溶栓治療效果不好，甚至會誘發腦出血。
對于發病時間超過五天的患者，一般進行血管內溶栓治療，經靜脈穿刺后，把導管置入到靜脈竇血栓里面，泵注溶栓制劑，這樣提高局部溶栓藥物的濃度，能更好的把血栓溶開。
發病時間超過兩周以上的患者，血栓已經非常硬，可以采用機械碎栓的方法，把血栓攪碎，并且一邊攪碎一邊打溶栓藥。
對于發病超過三周的患者，溶栓治療根本無效，需要把血栓攪碎，并用抽吸的方法把血栓抽干凈，因為機化或鈣化的血栓很堅硬，往往需要配合應用球囊或支架進行血管形成型。
介入治療常常是多種方法連用，比如可以用攪碎或溶栓的方法，還可以用抽吸或血管形成的方法，綜合起來把靜脈竇血栓清除出體內，恢復靜脈竇通暢，改善腦組織的動靜脈循環時間。
