通常根據不同類型骨髓炎最常見的致病菌種類或膿液涂片,格蘭染色結果初步選用合適的抗生素。對急性高度可疑為血源性骨髓炎的病例,在獲得血緣標本后立即開始經驗用藥,如果病變部位有膿液生成,早期開窗減壓可根據獲得標本圖片的格蘭染色,初步選擇抗生素,用藥方式通常為靜脈給藥,對于兒童患者在充分合作以及敏感抗生素的基礎上可采用靜脈加口服給藥,用藥時間通常為四到六周。
慢性骨髓炎,不推薦經驗用藥,盡量在徹底手術清創并在獲得術中標準培養結果的基礎上,進行針對性抗生素治療,如未能獲得培養結果可聯合使用對金黃色葡萄球菌尤其是甲氧西林耐藥金黃色葡萄球菌mrsa和革蘭陰性桿菌有效藥物。