慢性肝炎的治療包括多個方面，保肝抗纖維化，抗病毒去除病因，預防肝癌等，其中針對不同的病因，并去除病因是慢性肝炎中治療最重要的原則。
第一、保肝治療，藥物種類比較多，包括甘草酸類制劑，激素類制劑，五味子類制劑，適用于所有慢性肝炎的病人。
第二、抗纖維化治療，多為中成藥的口服制劑。
第三、注射干擾素抗病毒治療，包括普通干擾素和聚乙二醇化干擾素，適合于慢性乙肝以及慢性丙肝的患者，療程至少一年，干擾素聯合利巴韋林是慢性丙肝的治療標準方案之一。
第四、口服核苷類似物抗病毒治療，這類藥物只適用于乙型肝炎，包括慢性乙型肝炎和乙肝肝硬化，藥物有拉米夫定，阿德福韋酯，替比夫定和恩替卡韋，國際上還有第五種藥即替諾福韋。
第五、免疫抑制劑，自身免疫性肝炎，在保肝藥物難以控制，且肝功能反復時，那么需要用糖皮質激素或者是聯合使用另一種免疫抑制劑硫唑嘌呤類，可促進病情的恢復。
第六、預防腫瘤的發生，慢性肝炎病史發生肝癌的幾率增加，因此可以補充微量元素硒，有助于增強機體抗癌能力，另外注射胸腺肽提高免疫功能，也有利于增強預防腫瘤的能力。
第七、去除病因，停止服用損傷肝臟的藥物，對酒精性肝病以及藥物性肝炎的患者至關重要，對于其他原因導致的慢性肝炎也有重要意義。
