感染性心內膜炎的預后與所感染的微生物的毒性、患者的總體健康狀況、相關的瓣膜結構、感染期是否出現充血性心力衰竭等因素均有關系。盡管經過最好的內外科治療,金葡菌心內膜炎的病死率仍為20%-40%,相反鏈球菌心內膜炎預后情況普遍良好,90%-95的由草綠色鏈球菌引起的心內膜炎患者都能被內科或內外科結合治愈。
有其他種類的鏈球菌引起的該病患者預后狀況也同樣良好,真菌性心內膜炎,事實上不可能由內科方法治愈,僅有小部分的患者用抗真菌結核外科治療得到治愈,即使認為感染區已經過徹底的治療,但這些患者也應該延長抗真菌治療的時間。