在抗生素應用之前感染性心內膜炎常常是致命的,盡管現在診斷技術,外科技術及支持性護理的水平極大提高,盡管患者已及時得到適當的抗生素治療,仍有大量的感染性心內膜炎患者死于毒力很強的微生物,然而大多數患者幸存下來。
內酰胺類藥物,例如青霉素和氨基糖苷類聯合治療的方法被證明在治療鏈球菌心內膜炎十分有效。對于一部分葡萄球菌心內膜炎的患者較為有效。氨基糖苷類聯合應用青霉素或頭孢曲松持續給藥兩周,對治療草綠色鏈球菌心內膜炎高度有效。對于金黃色葡萄球菌引起的右側房室的感染性心內膜炎,新青霉素三和氨基糖苷類聯合應用兩周已被證明有效。