一,化膿性腦膜炎,其中最容易混淆者為嗜血流感桿菌腦膜炎,因其多見于兩歲以下小兒腦脊液細胞數有時不高。其次為腦膜炎雙球菌腦膜炎及肺炎雙球菌腦膜炎,鑒別除了結核接觸史,激素反映及肺部x線檢查可助診斷外,最重要的還是腦脊液檢查。
二,病毒性中樞神經系統感染,主要是病毒性腦炎、病毒性腦膜炎、病毒性脊髓炎均可與結腦混淆,其中散發的病毒腦炎比流行性者更需要加以鑒別。
三,新型隱球菌腦膜腦炎,其臨床表現,慢性病程及腦脊液改變酷似結腦,但病程更長可自發緩解。
四,腦膿腫,腦膿腫患兒多有中耳炎和頭部外傷史,有時繼發于膿毒敗血癥,常伴先天性心臟病。
五,與腦瘤相鑒別。