一、腸穿孔、這是阿米巴病威脅生命的最大的并發癥,穿孔可因腸壁病變使腸腔內容物滲入腹腔,釀成局限性或彌漫性腹膜炎或腹腔膿腫。也可因直腸鏡檢檢查時,外傷性穿破而造成。彌漫性腹膜炎較多見預后不良,腸壁生潰瘍大多引起慢性穿孔。
二、腸出血深部潰瘍,以侵蝕血管引起大小不等的腸出血。
三、闌尾炎,阿米巴可侵襲闌尾,臨床表現上與一般的闌尾炎相似,偶可成為腸阿米巴最首先出現的癥狀,容易發生穿孔。
四、阿米巴瘤,阿米巴潰瘍深入肌層病變影響整個腸腔,產生大量的肉芽組織。
五、其他阿米巴痢疾反復發作后,可能引起潰瘍性結腸炎。
六、肝阿米巴病,是指溶組織內阿米巴通過門靜脈到達肝臟,引起肝細胞融化壞死成為膿腫,通常稱為阿米巴肝膿腫,為腸阿米巴病最多見的并發癥。