顱腦病變,尤其是器質性的病變和下丘腦性的閉經關系也非常密切的,比如說泌乳素瘤、顱咽管瘤、異位的松果體瘤、丘腦腫瘤、第三腦室腫瘤、先天性畸形或者是炎癥結節病、黃色瘤、組織細胞病等等。
血管性的損傷,比如說出血、梗死、缺血、毛細血管增生和脂肪栓塞、外源性的創傷、變性、卟啉病、Wernicke綜合征,也就是維生素B缺乏,導致的腦部出血壞死性損害,這些病變都可以導致下丘腦功能的紊亂而導致閉經。Kallmann綜合癥是遺傳性的疾病,它是中樞神經發育異常所導致,它的特點的就是低性腺激素、低促性腺激素而且伴有嗅覺缺乏。
除了這個情況之外,有一些慢性消耗性疾病也會引起人體營養不良,然后進而影響下丘腦和腺垂體的功能出現閉經。再就是藥物或者是內分泌系統,其他的一些比較嚴重的疾病,都有可能會出現這種下丘腦性的閉經。