有很多臨床表現和運動神經元病極其相似的病例,包括像頸椎的壓迫或者因頸部枕骨骨大孔髓樣癌或者是骨質長入椎管的頸椎病,同樣也可以引起運動神經元病的臨床癥狀,常見的有上肢的無力感,肌肉消瘦,上肢的肌束震顫,下肢的痙攣等等,在一般它們缺乏腦神經的受累可以幫助鑒別診斷,盡管還有一些像枕骨大孔處的病變也可能壓迫到的十二對腦神經及舌下神經,引起舌肌的癱瘓,包括像腦脊液,x光平片以及腸部膀胱功能正常,這樣都會支持運動神經元疾病。
所以誤診有時是不可避免,如果診斷上有疑惑,應該及時進行頭部的核磁掃描和脊髓的造影來顯示相應的結構,幫助有效的鑒別診斷。