對于侵襲性牙周病來說,根據情況的不同所需要的治療手段也是不同的。一般來說早期治療可以防止復發,侵襲性牙周病常導致患者失牙,因此特別強調早期徹底的治療,主要是徹底消除感染,治療原則基本同慢性牙周炎潔治刮治和根面平整等,基礎治療是必不可少的。多數患者對此有較好的療效,治療后病變轉入靜止期。但因為細菌可入侵牙周組織,單靠清潔刮治療不易徹底消除入侵的細菌。
有的患者還需要安排手術清除組織內的細菌,本病治療后較易復發,因此應加強定期的復查和必要的后續治療,根據每位患者菌斑和炎癥的控制情況,確定復查的間隔期,開始時約為一到兩個月一次,半年后若病情穩定,可逐漸延長。抗菌藥物的應用,侵襲性牙周病用刮治術,并不能消除入侵牙齦中的細菌,殘存的細菌容易重新在牙根面定植,使病變復發。因此主張全身服用抗生素作為潔治和刮治的輔助療法,近年來主要在齦下刮治后,口服甲硝唑和阿莫西林,二者合用的效果優于單一用藥。