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子宮內膜異位癥可能和遺傳有一定的關系，但是不全都是先天性的，子宮內膜異位癥它的病因來源至今尚未查明，目前關于子宮內膜異位癥來源主要有以下三種學說：
第一種，種植的學說，包括經血逆流，淋巴或經脈的播散，醫源性的種植。
第二種，體腔上皮化生的學說，卵巢的表面的上皮、盆腔腹膜均有胚胎期，具有高度化生潛能的體腔上皮分化，在受到持續卵巢激素或者是經血或者慢性炎癥的反復刺激后，能被激活轉換為子宮內膜樣組織。
第三種，誘導學說，未分化的腹膜組織在內源性的生物化學因素誘導下，可發展成為子宮內膜組織，然后就是種植的內膜可以釋放化學物質，誘導未分化的間充質形成子宮內膜異位組織。
子宮內膜因為這個形成可能還與下列因素有關：
1，就是遺傳的因素，具有一定的家族聚集性，患者的發病可能和遺傳有關。
2，免疫及炎性的因素，免疫調節異常在內熱發生發展和環境中起到非常重要的作用。
3，其他的因素，比如有的學者提出在位內膜絕對決定論認為在位的子宮內膜的生物學特性是發生的決定的因素，局部環境是影響的影響。
4，環境的因素也和子宮內膜異位癥之間存在潛在的關系，血管深沉因素也可參與異位癥的發生，患者腹腔液中的vegf血管生成因子增多，使盆腔血管生長增加，利于異位的內膜控制生長。
