亞臨床甲減病因比較復雜,許多結構或功能異常能夠引起甲狀腺激素合成障礙,引起甲狀腺功能減退。
原發性的甲狀腺功能減退,占大約96%,其他均屬少見,其中以慢性淋巴細胞性甲狀腺炎最為常見,依據患者伴有或不伴有甲狀腺腫大,原發性的甲減的病因又可以分為:甲狀腺不腫大,甲狀腺先天發育異常多有家族傾向,特發性,還有就是放射性碘或者是甲狀腺切除術后治療后以及頭頸部腫瘤放射治療后。
甲狀腺腫大主要是甲狀腺激素合成障礙,由于母體內的碘化物或者是抗甲狀腺制劑傳遞給胎兒致病,攝入碘缺乏或者是天然的致甲狀腺腫物治療如木薯引起。
還有藥物性,例如抗甲狀腺藥物碘化物保泰松及鋰鹽等引起。垂體性的甲狀腺功能減退就是比較少見,主要是由于垂體疾病使TSH分泌減少所致。