主要有兩個區別，分別是用藥目的及批準文號。
首先來看用藥目的的區別，藥品是指用于預防治療診斷人的疾病，有目的的調節人的生理機能，并規定有適應癥或者功能主治，用法用量的物質，包括中藥材，中藥飲片，中成藥，以及化學的原料藥，以及原料藥的制劑抗生素，生化藥品，放射性藥品，血清，疫苗，血液制品和診斷藥品等。而保健品又被稱為保健食品，它也能調節人的機能，但只用于特定的人群，且不以治療疾病為目的，保健品是不能代替藥品。
它倆在批準文號上也有不同，藥品在包裝上能夠看到的批準文號是國藥準字H或者是字母ZSGBF等，再加上八位數字，它的意思是國家藥監局批準生產上市銷售的藥品。其中，字母H代表化學藥品，字母Z代表中成藥，字母S代表生物制劑制品，字母G代表進口藥品國內分包裝，字母b代表具有輔助治療作用的藥品，字母F的意思是藥用輔料。
保健品在包裝上一定能夠看到藥監局的批準文號或食健字G或者是J，再加上年號及流水號。其中字母G代表國產，字母J代表進口，或者是衛生部的批準文號衛食健字，再加上年號，加流水號。在包裝和標簽上方必須標有保健品的特殊標識，就是一個類似藍帽子的圖案，下面有保健食品四個字，保健食品四個字下面是批準文號。
