對于結膜炎,一般檢查時,首先根據患者的發病過程和臨床表現可有一個初步的診斷,如果是感染性的結膜炎通常是雙眼發病,并且會傳染給家人,大多數的急性病毒性結膜炎,最先是一眼發病而后另眼發病,沙眼的病變以上瞼為主,而病毒所致的急性濾泡性的結膜炎則是以下眼瞼為主,細菌性結膜炎的卡他癥狀更為顯著。淋球菌所引起的嚴重炎癥則出現大量的膿性分泌物,這些病變特點都有助于結膜炎的早期診斷。
一般情況也可以做結膜刮片檢查或者睫毛的細菌學檢查、分泌物的細菌培養和藥敏實驗等等,這一系列檢查都有助于結膜炎的鑒別和診斷,這些檢查有助于病原學診斷和指導治療,如果考慮是衣原體或者病毒感染,則可以做實驗室病原體分離或者應用PCR技術幫助診斷。