當人在被阿米巴原蟲污染的水中游泳時,阿米巴病原體通過鼻粘膜沿著沒有髓鞘的嗅神經以及突破篩板,從而達到顱內含有腦脊液的亞蛛網膜層,最終入侵擴散到中樞神經系統,從而引起腦膜腦炎。
早期因為病變侵入部位的原因,首先會出現嗅覺以及味覺的異常,然后會出現高熱、癲癇持續發作和噴射狀的嘔吐等癥狀。繼而可以出現全身性的或者是局限性的癲癇發作,并且有明顯的腦膜刺激征,比如說頸項強直、克氏征陽性等等。
多數患者在數天之內,可能會出現像譫妄、癱瘓到昏迷,本病的死亡率非常高、病程很短,一般在一周內死于嚴重腦水腫,所引起的呼吸衰竭、中樞衰竭,預后極差。