治療結膜炎以滴眼為主,其療程短、治療效果好,常用的滴眼劑磺胺醋酰鈉、氯霉素、紅霉素、慶大霉素等,原則上白天易用滴眼劑滴眼反復多次,睡前易用眼膏劑涂覆。選用滴眼劑感染的病原體來區分,對沙眼衣原體感染的結膜炎可選紅霉素、利福平、派丁胺、磺胺醋酰鈉滴眼劑。
對病毒感染的結膜炎,可選用派丁胺滴眼劑,阿昔洛韋滴眼劑或利福平滴眼劑。
對細菌感染的結膜炎可選紅霉素、四環素、桿菌肽滴眼劑。
綠膿桿菌結膜炎的病情較嚴重,病變進展迅速,短期內可治角膜破潰穿孔和失明,因此需及早治療,常用多粘菌素滴眼劑,卡西林滴眼劑。
對真菌性角膜炎,可選用兩星霉素滴眼劑,克霉唑滴眼劑。
過敏性結膜炎宜選用醋酸可地松,醋酸氫化可的松或色甘酸鈉滴眼劑,其不僅可抑制炎癥過程的早期表現,還能降低毛細血管壁和毛細血管膜的通透性,減少炎癥的滲出。