癲癇具有一定的遺傳傾向,如果孕婦或配偶有癲癇疾病尤其是有特發性癲癇及癲癇相關的遺傳病家族史,應當在生育前進行遺傳咨詢,癲癇病病因比較復雜多樣包括遺傳因素、腦部疾病、全身或系統性的疾病等,遺傳因素是導致癲癇尤其是特發性癲癇的重要原因。
分子遺傳學研究發現,一部分遺傳性癲癇的分子機制為離子通道或相關分子的結構或功能改變,腦部疾病先天性腦發育異常:大腦灰質異位癥、腦穿透畸形、結節性硬化、腦面血管瘤,顱腦腫瘤原發性或轉移性腫瘤,顱內感染,各種腦炎,蛛網膜下腔出血、腦梗死、腦瘤、阿爾茨海默病、多發硬化病、皮克病等都可能引起癲癇。