手術(shù)治療的目的是切除病灶，恢復(fù)解剖，使用藥物治療后癥狀不緩解，局部病變加劇或者是生育功能沒有恢復(fù)者，較大的卵巢，內(nèi)膜異位囊腫。一般選擇腹腔鏡手術(shù)，腹腔鏡手術(shù)是子宮內(nèi)膜異位，手術(shù)首選的方法。目前認為腹腔鏡，確診加手術(shù)加藥物治療為子宮內(nèi)膜異位的金標準的治療。
手術(shù)的方式包括以下三種：
第一、保留生育功能的手術(shù)，切除和破壞所有可見的異位內(nèi)膜病灶、分離黏連、恢復(fù)正常的解剖結(jié)構(gòu)，但保留子宮一側(cè)或者是雙側(cè)卵巢，至少保留部分卵巢組織。它是適用于藥物治療無效年輕和有生育要求的患者，但是術(shù)后的復(fù)發(fā)率大約占到40%，因此術(shù)后要盡早的妊娠或者使用藥物以減少復(fù)發(fā)。
第二、保留卵巢的功能手術(shù)，切除盆腔的病灶或子宮，保留至少一側(cè)或者是部分卵巢。適用于重度子宮內(nèi)膜異位癥，包括三期和四期的患者，癥狀明顯而且沒有生育要求的45歲以下的患者，術(shù)后復(fù)發(fā)率大約在5%。
第三、根治性手術(shù)，將子宮、雙附件以及盆腔內(nèi)所見的內(nèi)膜異位病灶切除或者清除，它適用于45歲以下的重癥的患者。術(shù)后不用雌激素補充治療者，幾乎不復(fù)發(fā)。
