在臨床上直腸癌被誤診為痔或者是痢疾是最多見的。誤診的主要原因首先是病人自認為是痔，長期沒有給予診治，或者是前不久曾經行痔的手術，誤認為是復發，或者是以往伴有慢性腸炎，菌痢等疾病，掩蓋了直腸癌的癥狀。或出現大腸癌早期癥狀，重視程度不夠，或者是自行簡單治療之后，癥狀短期內有所減輕，延誤了就診的時間，失去了早期診斷的機會，也有就醫條件和經濟條件受限，直到癥狀嚴重或簡單治療也不能改善的時候，才去就診。
誤診的另一個主要原因是接診醫生業務水平低，對直腸癌早期癥狀不是很了解，缺乏警覺，應該指出對于患者出現便血，大便次數增多，或里急后重的臨床癥狀時，如果能做便常規直腸直診，肛門鏡或者組織檢查，絕大多數的誤診都是可以避免的。
病史詢問不詳細，僅滿足于大腸，大便常規的檢查，檢查不認真，忽視了肛診的必要性或者說滿足于一次的病理檢查的結果，有時這些陰性結果，往往與取材部位不準，采取組織較小有關系，也可能會因為內窺鏡操作人員經驗不足，疏忽了較小的病變，對有可疑癌變的情況重視不夠。
另外x射線，有的時候可能因為部位較低或者是病灶較小漏診，有些腫瘤本身具有向腔外生長為主的特性，所以腔內病理改變，癥狀出現比較晚，也是誤診的原因。
