急性腎盂腎炎可以為單側或者雙側腎臟受累,表現為局限或者廣泛的腎盂腎盞黏膜充血,水腫,表面有膿性的分泌物,黏膜下可見細小的膿腫,與一個或者是幾個腎乳頭可見大小不一,間斷指向腎乳頭肌底,伸向腎皮質的歇型炎癥病灶,病灶內可見不同疼程度的腎小管上皮細胞腫脹,壞死,脫落。
腎小管腔中有膿性分泌物,腎間質水腫內有白細胞浸潤和小膿腫形成,炎癥劇烈時可以有廣泛性的出血,較大的炎癥病灶愈合后,局部形成斑痕,腎小球一般無形態學改變,合并有尿路梗阻者,炎癥范圍常常比較廣泛。
慢性腎盂腎炎雙側的腎臟病變常常不一致,腎臟的體積縮小,表面不光滑,有腎盂腎盞黏連,變形,腎乳頭疤痕形成,腎小管萎縮以及腎間質淋巴,單核細胞浸潤等慢性炎癥的表現。