肝結石的發病原因與膽道的細菌感染,寄生蟲的感染以及膽汁的滯留有很大的關系。感染是導致結石形成的首要因素,感染的原因常見的是膽道寄生蟲感染和復雜性的膽管炎,差不多所有的肝內膽管結石病人膽汁培養,均可檢出一些細菌。感染的細菌主要是來源于腸道,常見的細菌是大腸桿菌及一些厭氧菌,大腸菌和一些厭氧的菌感染時,產生的葡萄糖醛酸苷酶在膽道感染時,產生一些內生性的葡萄糖醛苷酶,能夠結合型膽紅素水解,生成游離的膽紅素而沉著。
膽汁滯留是肝內的膽管結石形成的必要條件,只有在膽汁滯留的條件下,膽汁中的成分才能夠沉積并形成結石,引起膽汁滯留的是膽道狹窄或膽道畸形,在梗阻的遠端膽管內的壓力會升高,膽管會擴張,膽流緩慢,這樣就會造成結石的形成。