中毒型細菌性痢疾應該與急性胃腸炎，阿米巴痢疾等鑒別，細菌性食物中毒多集體發病，起病急，病程短，嘔吐劇烈，水樣便，流行性乙型腦炎的流行季節，臨床表現與急性重型中毒型菌痢相似。應及早做鹽水灌腸，采取大便標本做鏡檢細菌培養，以明確診斷。
阿米巴痢疾病起病一般緩慢，少有毒血癥癥狀，里急后重感輕，便次較少，要注意與菌痢相區別，其腹痛以右側為主，典型者有果醬樣大便，糞鏡檢檢紅細胞成堆而白細胞少，可找到阿米巴滋養體，乙狀結腸鏡檢查所見，兩者不同與病變部位，取材檢查病原體也不相同。
致病性大腸桿菌性腸炎多發生于兩歲以下兒童，五到八個月發病率較高，糞便可有黏液，有腥臭味兒，較為稀薄，呈蛋花湯樣，大便次數較多，容易引起脫水、酸中毒，急性腸炎，常常以家庭和集體發作，嘔吐多見，大便黏液多于膿，常呈綠色膠凍狀，里急后重較為少見，糞便細菌培養可以確診。
病毒性腹瀉多見于兩歲之內兒童，起病急，伴有上呼吸道感染癥狀，大便呈水樣或蛋花湯樣，可有少量黏液，無腥臭味兒，糞便細菌培養陰性。
阿米巴痢疾南方多見，多發于年齡較大的兒童，起病較慢，大便次數較多，但無里急后重，大便有血和黏液，呈紫紅色果醬樣，新鮮大便黏液鏡檢可以找到阿米巴滋養體，細菌性痢疾紅細胞少于白細胞，阿米巴痢疾反之。
