幽門螺旋桿菌最常見的吹氣檢查分為碳十四呼吸實驗和碳十三呼吸實驗。碳十四呼吸實驗的原理是由于碳是非常穩定,因此經常作為標記物出現,在幽門螺旋桿菌十四呼吸實驗中受檢者口服尿素碳十四膠囊后,如果胃里有幽門螺旋桿菌產生的尿素酶能夠迅速將尿素分解為二氧化碳和氨氣,二氧化碳經血液進入肺而排出體外,將排出的碳十四二氧化碳氣體帶有標記物收集后在儀器上測量即可判斷胃內有無幽門螺旋桿菌。碳十四呼吸實驗的正常值為零至一百dpm二氧化碳值,碳十三呼吸實驗,碳十三呼吸實驗的原理是因為幽門螺旋桿菌細菌內有尿素酶。
當在胃內遇到吞下的碳十三尿素就會把它分解成十三二氧化碳,十三二氧化碳經胃腸道吸收進血循環到達肺后隨呼氣排出,只要收集呼出的氣體,測定其中的碳十三標記的碳十三二氧化碳就可準確的證明有沒有幽門螺旋桿菌感染。正常人沒有幽門螺旋桿菌,碳十三尿素不分解,碳十三尿素經泌尿系統排出,呼出的氣體中就沒有碳十三二氧化碳。而幽門螺旋桿菌感染者體內有幽門螺旋桿菌,能夠將碳十三尿素分解,所以呼出的氣體中就有碳十三二氧化碳,碳十三呼吸試驗的正常值是零至4dpm二氧化碳值。